基因表达是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，转变成具有生物活性的蛋白质分子。基因差别表达(differential gene expression)又叫做基因的选择性表达，高等生物大约有30000个不同的基因，但是在任意种类的细胞中只有5%~10%的基因得以表达，且这些基因的表达按时间和空间顺序有序的表达，从而产生细胞分化。基因组中表达的基因分为两类：
        ⑴一类是维持细胞基本生命活动所必须的，称管家基因（house keeping gene），如各种组蛋白基因；
        ⑵另一类是指导合成组织特异性蛋白的基因，对分化有重要影响，称奢侈基因（luxury gene），即组织特异性基因(tissue-specific gene)。这类基因与各类细胞的特殊性有直接的关系, 是在各种组织中进行不同的选择性表达的基因。
         研究基因表达的方法涉及启动子分析、转录水平分析、比较转录组分析、翻译水平分析等。其中相应的技术方法如下：启动子分析包括核连缀分析（Nuclear Run-on assay）、DNA足迹分析（DNA Foot-printing assay）、凝胶迁移实验（EMSA）、报告基因分析（Reporter gene assay）、DNA截短定点诱变（DNA truncation and site-directed mutagenesis）、体外重组分析(in vitro reconstitution assay)、染色质免疫沉淀分析（CHIP assay）。转录水平分析的方法包括Northern印迹（Northern blots）、RNA酶保护实验（RNase protection assay）、反转录PCR（Reverse transcription PCR）、实时定量PCR(Real Time PCR)、原位杂交（In situ hybridization）、引物延伸实验（Primer extension assay）等。比较转录组分析包括差别筛选（Differential screening）或称差别杂交（differential hybridization）、扣除杂交（Subtractive hybridization）、基因表达差异显示实验（Differential display）、DNA微阵列分析（Array-based methods）等。翻译水平分析包括Western印迹（Western Blots）、免疫细胞化学技术（Immunocytochemistry）、免疫组织化学技术（Immunohistochemistry）、蛋白修饰（Protein modification）、蛋白组学（Proteomics）等方法。